Bị chèn Trojan

Vào Tháng Chín 2017, bộ cài CCleaner phiên bản 5.33 (dành cho hệ điều hành Windows 32-bit) đã bị chèn thêm trojan Floxif, một phần mềm ác ý có thể tạo ra cửa hậu cho phép hacker điều khiển từ xa máy tính nạn nhân. Số lượng máy tính ảnh hưởng bởi sự kiện này lên đến 2.27 triệu máy tính[23]. Tuy nhiên, theo giới phân tích, mục tiêu thật sự của hacker là các tập đoàn công nghệ lớn như Samsung, Intel và VMWare[24]. Vào ngày 13 Tháng Chín, Piriform cập nhật phiên bản CCleaner 5.34 và CCleaner Cloud 1.07.3191 đã loại bỏ mã độc này.

Thu thập dữ liệu người dùng

Trong CCleaner v5.45, mục tùy chỉnh đã giới thiệu "các tính năng nhằm cho phép [Piriform] thu thập dữ liệu sử dụng ẩn danh, tổng hợp tốt hơn mà chúng tôi có thể sử dụng để phát hiện xu hướng để cải thiện phần mềm, sửa lỗi nhanh hơn và mang lại trải nghiệm tốt hơn cho người dùng", thêm "CCleaner không báo cáo bất kỳ thông tin nhận dạng cá nhân nào ".[25] Sau khi bị chỉ trích [26] các phiên bản mới hơn đã cho phép người dùng tùy chỉnh câc báo cáo dữ liệu sử dụng ẩn danh được gửi về.[27]

Cài đặt phần mềm đi kèm mà không có sự cho phép của người dùng

Vào tháng 12 năm 2018, đã có báo cáo rằng người dùng khi cài đặt CCleaner cũng sẽ cài đặt phần mềm chống vi-rút Avast mà không có sự cho phép của họ, với TechSpot tuyên bố điều này được cho là CCleaner không tốt hơn phần mềm độc hại mà nó được cho là chống lại, nhưng điều này đã bị nhân viên CCleaner từ chối.[28] Vào ngày 20 tháng 1, người dùng trên trang web truyền thông xã hội Reddit đã đăng tải ảnh chụp màn hình minh họa vấn đề chưa được giải quyết, trái với tuyên bố của nhân viên CCleaner.[29]